Один из вариантов — найти индексы, по которым вообще не было проходов. Надо предварительно убедиться, что сброс статистики (pg_stat_reset()) происходил достаточно давно, и вы не захотите удалить используемый «редко, но метко». Воспользуемся системным представлением pg_stat_user_indexes:
select * from pg_stat_user_indexes where idx_scan = 0;